Quando um monstro kylothiano disfarçado de modelo de lingerie ameaça a sobrevivência da raça humana, os rapazes do MIB são chamados. Com a sede deles cercada e o tempo se acabando, os agentes Kay e Jay recorrem à ajuda de Frank, the pug, e de um bando de minhocas a fim de acabarem para sempre com os alienígenas.